ProteinCut 蛋白酶切肽段質量計算器 - 蛋白序列酶切 · 半胱氨酸修飾

輸入蛋白質序列

粘貼一條蛋白質序列（單字母氨基酸代碼，大小寫均可）；空格、數字、下劃線自動忽略；以 > 開頭的行作為名稱行，序列連續的行會拼在一起。B/Z/X 為不定組成殘基（含它們的肽段不計算質量）、J 視為 Ile/Leu。

選項

酶 / 試劑：

最多漏切

半胱氨酸處理：

修飾：帶丙烯酰胺加成甲硫氨酸氧化

離子形式：

質量計算：單同位素平均

最小質量

最大質量

排序：

修飾只影響肽段質量（與 ExPASy 一致）；蛋白摘要中的質量與等電點按未修飾序列計算。CNBr 會把被切開的 C 端 Met 轉成高絲氨酸內酯（HSL）。

酶切結果

輸入蛋白質序列後，這裏會給出蛋白摘要與酶切肽段表

酶切規則（ExPASy PeptideMass Table 1）

規則與 web.expasy.org/peptide_mass/ 的 PeptideMass 完全一致：C 端 = 該殘基之後的肽鍵，N 端 = 該殘基之前的肽鍵。

氨基酸殘基質量表

殘基質量 = 游離氨基酸 − H2O（肽鍵內形式）；整肽中性質量 = N 端 H + Σ殘基 + C 端 OH。數據取自本站 MassCalc 同一份 NIST 數據集。

本工具可選的修飾質量

半胱氨酸與甲硫氨酸修飾按全局選項套用到所有肽段（與 ExPASy 相同）；質量增量由加成化學式按元素表計算。

這是什麼工具

ProteinCut 輸入一條蛋白質序列，按你選的酶（或化學試劑）把它在理論上切開，計算每一段肽的質量——這是蛋白質組學「肽質量指紋圖譜」（PMF）里最常用的對照計算。它完整復刻 ExPASy PeptideMass（web.expasy.org/peptide_mass/）的功能：25 種酶/試劑的切割規則表（胰蛋白酶及其變體、Lys-C/Lys-N、Arg-C、Asp-N、Glu-C、CNBr、胰凝乳蛋白酶、胃蛋白酶、蛋白酶 K、嗜熱菌蛋白酶、甲酸水解等）、0~5 個漏切、半胱氨酸烷基化（碘乙酸/碘乙酰胺/4-乙烯基吡啶/丙烯酰胺加成）、甲硫氨酸氧化、七種離子形式（[M+H]+…[M+5H]5+，最高 5 價）、單同位素/平均質量二選、質量區間過濾以及按質量或位置排序。

所有計算都在你自己的瀏覽器里完成：殘基質量、元素原子量與酶切規則表隨頁面一起下載，沒有後端、不上傳任何序列。當前輸入與選項存在瀏覽器本地，刷新還在。質量數據與本站 MassCalc / PepFragCalc 共用同一份 NIST 數據集與計算核心，單同位素取最豐同位素之和、平均取標準原子量，肽段中性質量 = N 端 H + Σ殘基 + C 端 OH。蛋白等電點用 Bjellqvist 法（與 ExPASy Compute pI/Mw 相同的 pKa 集）解淨電荷為零的 pH。

功能

ExPASy 同款酶切規則25 種酶/試劑，切割規則逐條對照 ExPASy PeptideMass Table 1——包括胰蛋白酶三種特異性變體、Trypsin/CNBr（C 端 Met 轉高絲氨酸內酯）、Glu-C 磷酸/碳酸氫鹽兩種緩衝液、Microwave-assisted formic acid hydrolysis 等，不是簡化版。

半胱氨酸與甲硫氨酸修飾半胱氨酸可選還原型 / 碘乙酸（羧甲基化）/ 碘乙酰胺（氨甲酰甲基化）/ 4-乙烯基吡啶（吡啶乙基化），可再疊加丙烯酰胺加成；甲硫氨酸可選氧化。修飾按選項全局套用，命中肽段在結果里標註。

七種離子形式 × 兩種質量[M+H]+、[M]、[M-H]-、[M+2H]2+、[M+3H]3+、[M+4H]4+、[M+5H]5+ 任選一種展示（最高 5 價）；單同位素（高分辨質譜比對）與平均（低分辨）質量一鍵切換，不用重算。

漏切與過濾排序漏切數 0~5（含多漏切組合）；最小/最大質量區間與 ExPASy 相同的檔位；結果可按質量從大到小或按蛋白質中的原始位置排序。

蛋白摘要：質量與等電點頂部給出整蛋白的理論質量（單同位素與平均都顯示）與等電點（Bjellqvist 法）；以 > 開頭的輸入行會顯示為蛋白名稱。

本地計算與三語純前端、零依賴、不上傳；淺色/深色主題，簡體/繁體/English 三套界面；結果一鍵複製成 TSV 進 Excel。

怎麼用

把蛋白質序列粘進輸入框（或點「示例」載入人血清白蛋白）；以 > 開頭的行當名稱，其餘行的字母連起來就是序列。

選酶/試劑與漏切數，需要修飾就設半胱氨酸處理、甲硫氨酸氧化、離子形式與單同位素/平均質量。

結果分兩部分：蛋白摘要（長度/質量/等電點）與酶切肽段表（位置、漏切、序列、質量、修飾標註）；含 B/Z/X 的肽段單獨列出、不計算質量。

用最小/最大質量過濾和排序把表收窄，點「複製結果 (TSV)」直接帶進 Excel 或蛋白質組學軟件。

常見問題

它和 ExPASy PeptideMass 有什麼區別？

計算功能一致：同樣的酶切規則表、同樣的半胱氨酸/甲硫氨酸修飾選項、同樣的離子形式與單同位素/平均質量。區別是它是純本地實現——不需要 UniProt 數據庫查詢（ExPASy 支持輸入 Swiss-Prot/TrEMBL 編號檢索序列，這裏請直接粘貼序列），也沒有 ExPASy 基於數據庫註釋的 PTM/變異/剪接體標註功能。序列完全不出瀏覽器，未發表蛋白也能放心算。

單同位素質量和平均質量該用哪個？

高分辨質譜（TOF、Orbitrap、FT-ICR）比對的通常是單同位素 m/z；低分辨儀器（離子阱、四極杆）上重同位素多的肽段實測更接近平均質量。本工具質量數據與 MassCalc/PepFragCalc 同一套 NIST 原子量：單同位素取最豐同位素之和，平均取標準原子量。

CNBr 的高絲氨酸內酯是什麼？

溴化氰在 Met 的 C 端切開後，C 端的 Met 會轉成高絲氨酸內酯（homoserine lactone，HSL）：相比普通「N 端 H + 殘基 + C 端 OH」的肽段，整體少了一個 CH4S（約 −48.003 Da 單同位素）。本工具對 CNBr 和 Trypsin/CNBr 切出的 C 端 Met 自動做這個換算，並在修飾列標註。

B/Z/X/J 這些字母怎麼處理？

與 ExPASy 相同：B = Asx（D/N）、Z = Glx（E/Q）、X = 任意氨基酸，含有它們的肽段不給質量、單獨列在表下方；J 視作 Ile 或 Leu（兩者同質量，C6H11NO，單同位素 113.0841 Da），正常參與酶切與質量計算。

序列會上傳嗎？支持多長的蛋白？

不會——頁面純靜態、無後端，計算在瀏覽器本地完成，輸入只寫進瀏覽器本地存儲。常規蛋白（≲ 1000 殘基）毫秒級完成；更大序列要注意漏切數開大後肽段組合數按切割位點指數增長，建議從 0~1 逐個往上加。

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