輸入肽鏈（每行一條）
每行一條肽鏈，逐行獨立出表。單字母序列（PEPTIDEKRAQ），修飾內聯寫：S(Phos)、C(Carbamidomethyl)、[Cit+71.984]；C 端酰胺在行尾加 -NH2。空行忽略。
選項
寫一次、應用到所有行的每個匹配殘基：C+57.0215（質量增量）或 C(Carbamidomethyl)（命名修飾），多條用逗號分隔。行內已單獨標註 (…)/[…] 的殘基不重複套用。只對單字母序列生效。
碎片系列
電荷
酶切
修飾寫法：P(Phos)、C(Carbamidomethyl)、[Cit+71.984]
結果
輸入肽鏈後這裏會逐行給出整肽質量與碎片離子表
可用修飾名（內聯與全局規則通用）
寫法：殘基字母後緊跟括號里的修飾名，如 S(Phos)；全局規則里同樣可用，如 K(SILAC_K8)。只給質量增量時用 [Cit+71.984] 或規則 C+57.0215。
氨基酸殘基質量表
殘基質量 = 游離氨基酸 − H2O（肽鍵內形式）；整肽中性質量 = N 端 H + Σ殘基 + C 端 OH。數據取自 MassCalc 同一份 NIST 數據集。