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GRAVYCalc 蛋白疏水性計算

FASTA 多序列 · Kyte-Doolittle 疏水值 · 批量 GRAVY

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輸入 FASTA 蛋白序列

粘貼 FASTA 格式序列:> 開頭的行為頭行,多條序列必須各自有頭行;單條序列可不寫頭行。也可以把 .fasta / .txt / .gz 文件拖進輸入框。

選項

顯示序列:
這些字符不計入長度也不參與平均(如終止符 * 、比對空位 -);其餘非標準字符會標記為警告。
小數點符號:

結果

Kyte-Doolittle 氨基酸疏水值

疏水值取自 Kyte & Doolittle, J. Mol. Biol. 157 (1982) 105-132 表 1:正值疏水(傾向膜內),負值親水(傾向溶劑)。GRAVY = 序列內全部氨基酸疏水值之和 ÷ 氨基酸個數。

這是什麼工具

GRAVYCalc 計算蛋白序列的疏水平均值(GRAVY,grand average of hydropathy):把序列里每個氨基酸的 Kyte-Doolittle 疏水值加起來,除以氨基酸個數。GRAVY 是判斷蛋白傾向的最常用單一指標——跨膜蛋白 富含 I、L、V、F、M,GRAVY 通常明顯為正;可溶性球蛋白與核內蛋白 GRAVY 多為負。它對標 gravy-calculator.de,輸入格式、忽略字符、導出分隔符與小數點選項都與原站一致。

所有計算都在你自己的瀏覽器里完成:疏水值表隨頁面一起下載,沒有後端、不上傳任何序列。當前輸入存在瀏覽器本地,刷新還在;序列再長也只是逐字符一次加法,毫秒級完成。

功能

怎麼用

  1. 把 FASTA 序列粘進輸入框(多條序列每條都要有 > 頭行),或點「從文件導入…」/ 直接拖文件進來。
  2. 需要跳過終止符或空位就把字符填進「忽略字符」;想核對序列就打開「顯示序列」。
  3. 表格實時給出每條記錄的長度與 GRAVY;非標準字符會在警告列逐字符計數。
  4. 選好分隔符與小數點,點「複製結果」或「下載文件」把整張錶帶走。

常見問題

GRAVY 是什麼?怎麼讀這個數?
GRAVY = Σ(氨基酸疏水值) ÷ 序列長度,疏水值用 Kyte & Doolittle (1982) 標度(I 4.5 最高,R -4.5 最低)。整體為正說明序列整體疏水,常見於跨膜蛋白(多數 > 0,強跨膜可達 1 以上);為負說明偏親水,常見於可溶性蛋白。它只是整體平均——一段親水一段疏水的序列平均值可能接近 0,判斷膜蛋白請結合跨膜區預測。
序列里的 X、B、Z、U、*、- 怎麼處理?
不在 20 種標準氨基酸里的字符分兩類:填進「忽略字符」的不計數(默認 * 和 -,可自行增刪);沒填的按字符計數標成警告列,長度只統計標準氨基酸。想連模糊碼一起忽略,把 X 等字符加進忽略框即可。
序列會上傳嗎?
不會。頁面純靜態、無後端接口,計算在瀏覽器本地完成;輸入只寫進瀏覽器本地存儲,清空或換瀏覽器即消失。未發表序列也可以放心算。
數字編號和空格要刪掉嗎?
不用。序列行里的空白與數字(比如從 PDF 複製出來的行號)會自動丟棄,只統計字母;頭行內容原樣保留作為結果表裏的名稱。
導出的文件是什麼格式?
純文本表格,四列:編號、名稱/描述、長度、GRAVY。選制表符可直接貼進 Excel;選逗號得到 .csv;小數點符號可切換為逗號,適配歐洲區域設置。

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