← 返回科研导航

PepFragCalc 多肽碎片计算

多行肽链 · a/b/c x/y/z 碎片离子表 · 全局修饰规则

English 简体 繁體

输入肽链(每行一条)

每行一条肽链,逐行独立出表。单字母序列(PEPTIDEKRAQ),修饰内联写:S(Phos)、C(Carbamidomethyl)、[Cit+71.984];C 端酰胺在行尾加 -NH2。空行忽略。

选项

写一次、应用到所有行的每个匹配残基:C+57.0215(质量增量)或 C(Carbamidomethyl)(命名修饰),多条用逗号分隔。行内已单独标注 (…)/[…] 的残基不重复套用。只对单字母序列生效。
碎片系列
电荷
酶切
修饰写法:P(Phos)、C(Carbamidomethyl)、[Cit+71.984]

结果

输入肽链后这里会逐行给出整肽质量与碎片离子表

可用修饰名(内联与全局规则通用)

写法:残基字母后紧跟括号里的修饰名,如 S(Phos);全局规则里同样可用,如 K(SILAC_K8)。只给质量增量时用 [Cit+71.984] 或规则 C+57.0215。

氨基酸残基质量表

残基质量 = 游离氨基酸 − H2O(肽键内形式);整肽中性质量 = N 端 H + Σ残基 + C 端 OH。数据取自 MassCalc 同一份 NIST 数据集。

这是什么工具

PepFragCalc 计算多肽的理论碎片离子 m/z:输入一条或多条肽链(每行一条),按蛋白质组学通用的 a/b/c(N 端)与 x/y/z(C 端)六个系列,逐位点给出中性质量、单同位素 m/z 与平均 m/z,并可选 1+/2+/3+ 多电荷与 -NH3/-H2O 次级离子。它覆盖 UW Proteomics Toolkit「Peptide Fragment」页(FragIonServlet)的全部计算功能,并补上它没有的批量能力:全局修饰规则一次应用到所有行的匹配残基,多行输入逐行独立出表。

所有计算都在你自己的浏览器里完成:残基质量、修饰与酶切表随页面一起下载,没有后端、不上传任何序列。当前输入与选项存在浏览器本地,刷新还在。整肽、碎片与酶切用的是与 MassCalc(本站分子式工具)同一份 NIST 数据集与计算核心,三对互补离子严格自洽:b+y、c+z、a+x 的中性质量之和都等于整肽。

功能

怎么用

  1. 把肽链粘进输入框,每行一条;修饰直接内联写(S(Phos)),或用「全局修饰规则」一次套用到所有行(C+57.0215)。
  2. 选好 N/C 端、碎片系列、电荷态,需要 -NH3/-H2O 次级离子就勾上;要酶切产物就选酶和漏切数。
  3. 每行独立出结果:整肽质量卡片、按 m/z 排序的碎片离子表(含 Δm/z)与酶切产物表;某行写错只影响那一行。
  4. 点「复制全部结果 (TSV)」把整页表格带走,直接粘进 Excel 或原始数据处理软件。

常见问题

a/b/c 和 x/y/z 系列是怎么定义的?
肽键断裂后含 N 端的碎片按丢失的原子命名 a/b/c(b = 完整 N 端片段,a = b − CO,c = b + NH3),含 C 端的命名 x/y/z(y = 完整 C 端片段 + H2O,x = y + CO,z = y − NH3)。CID/HCD 谱里最常见的是 b 与 y 系列。表里的「端」列标出每个离子属于哪一侧。
全局修饰规则和行内修饰怎么配合?
规则形如 C+57.0215(质量增量)或 C(Carbamidomethyl)(命名修饰),对所有行的每个匹配残基生效;如果某个残基在行内已经写了 (…) 或 […] 标注,全局规则会跳过它,不重复加。这样「大部分 C 碘乙酰胺固定修饰、个别 C 保持游离」的场景可以把 C 位点单独标 [C+0]… 更简单的做法是全局规则留空、逐位点内联标注。
单同位素质量和平均质量该用哪个?
高分辨质谱(Orbitrap、TOF、FT-ICR)比对的是单同位素 m/z;低分辨仪器(离子阱、四极杆)上重元素多的肽段实测更接近平均质量。表里两列并排给出,不用来回切换。超过 ~3 kDa 的肽段单同位素峰可能不再是最高峰,检索时留意。
碎片表里的 Δm/z 有什么用?
碎片按 m/z 升序排列,Δm/z 是相邻两行的差值。b/y 系列相邻位点的差 = 一个残基的质量,出现异常差值(如 +79.97 对应磷酸化 HPO3、−17.03 对应 NH3 丢失)往往直接提示修饰或次级离子,是人工读谱的常用抓手。
序列会上传吗?支持多大的肽?
不会——页面纯静态、无后端,计算在浏览器本地完成,输入只写进浏览器本地存储。常规肽段(≤ 100 残基)毫秒级出全表;Top-down 的整蛋白级序列也能算,但碎片行数随长度 × 系列 × 电荷增长,建议只勾需要的系列。

站内其他工具

纯前端实现 · 零依赖 · 免费 · 支持中/繁/英