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寡核苷酸质量与碎片表

DNA / RNA 链质量 · 5′ / 3′ 端基团 · 磷酸二酯骨架碎片表

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寡核苷酸质量与碎片表

单体取核苷酸单磷酸(dA 331.068 / dC 307.057 / dG 347.063 / dT 322.057 / dU 308.031),缩合失水成链;5′/3′ 端可选羟基或磷酸。碎片按磷酸二酯骨架四个可断键位定义,同一位点两侧相加等于母链。

单体取核苷酸单磷酸(dA 331.068 / dC 307.057 / dG 347.063 / dT 322.057 / dU 308.031),缩合失水成链;5′/3′ 端可选羟基或磷酸。碎片按磷酸二酯骨架四个可断键位定义,同一位点两侧相加等于母链。

全部计算都在你的浏览器本地完成,输入的任何内容都不会上传。

打开这个计算器

输入 DNA 或 RNA 序列(单字母 A/C/G/T/U),选好 5′ 与 3′ 端是羟基还是磷酸,工具按核苷酸单磷酸缩合失水合成整链分子式,给出单同位素与平均质量、各加合离子的 m/z——单链 DNA、RNA 与常见的合成寡核苷酸都能直接算。

碎片表按磷酸二酯骨架的四个可断键位定义,与文献里的 a/b/c/d 与 w/x/y/z 命名一致;同一位点两侧碎片的质量之和等于母链,互补自洽,方便在串联质谱里定位修饰位点。每行同时给单同位素 m/z 与平均 m/z。

怎么用

  1. 输入序列,如 ATCG 或 AUGC(U 表示 RNA)。
  2. 选核酸类型(DNA / RNA)与 5′ / 3′ 端基团(羟基或磷酸)。
  3. 选定电离方式与电荷,看整链质量与加合离子 m/z。
  4. 需要碎片就勾选系列,核对互补碎片是否加和回母链。

常见问题

DNA 和 RNA 的差别体现在哪?
RNA 的糖环多一个氧(U 代替 T、核糖代替脱氧核糖),每个核苷酸残基的质量随之不同;工具按你选的类型使用对应的单磷酸单体质量,端基团另计。
5′ 端磷酸和羟基差多少?
正好差一个 HPO3(约 79.9663 Da)。合成寡核苷酸通常 5′ 羟基、3′ 羟基,酶切或天然链常带 5′ 磷酸,按实际结构选就不会差这一项。
输入的内容会上传吗?
不会。页面没有后端:算法、NIST 同位素数据与各词典都随页面一起下载,全部计算在浏览器本地完成。
数据准吗?
同位素质量与丰度取自 NIST 快照(94 种元素、298 个同位素),同位素分布是精确的多项式卷积,与主流模拟器在小数点后几位一致。
免费吗?要注册吗?
免费、无使用次数限制,也不用注册或登录。
能把计算发给别人吗?
可以。点「复制链接」,输入状态会编进网址哈希,对方打开就是你看到的这套结果。

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