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寡核苷酸質量與碎片表

DNA / RNA 鏈質量 · 5′ / 3′ 端基團 · 磷酸二酯骨架碎片表

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寡核苷酸質量與碎片表

單體取核苷酸單磷酸(dA 331.068 / dC 307.057 / dG 347.063 / dT 322.057 / dU 308.031),縮合失水成鏈;5′/3′ 端可選羥基或磷酸。碎片按磷酸二酯骨架四個可斷鍵位定義,同一位點兩側相加等於母鏈。

單體取核苷酸單磷酸(dA 331.068 / dC 307.057 / dG 347.063 / dT 322.057 / dU 308.031),縮合失水成鏈;5′/3′ 端可選羥基或磷酸。碎片按磷酸二酯骨架四個可斷鍵位定義,同一位點兩側相加等於母鏈。

全部計算都在你的瀏覽器本地完成,輸入的任何內容都不會上傳。

打開這個計算器

輸入 DNA 或 RNA 序列(單字母 A/C/G/T/U),選好 5′ 與 3′ 端是羥基還是磷酸,工具按核苷酸單磷酸縮合失水合成整鏈分子式,給出單同位素與平均質量、各加合離子的 m/z——單鏈 DNA、RNA 與常見的合成寡核苷酸都能直接算。

碎片表按磷酸二酯骨架的四個可斷鍵位定義,與文獻裏的 a/b/c/d 與 w/x/y/z 命名一致;同一位點兩側碎片的質量之和等於母鏈,互補自洽,方便在串聯質譜里定位修飾位點。每行同時給單同位素 m/z 與平均 m/z。

怎麼用

  1. 輸入序列,如 ATCG 或 AUGC(U 表示 RNA)。
  2. 選核酸類型(DNA / RNA)與 5′ / 3′ 端基團(羥基或磷酸)。
  3. 選定電離方式與電荷,看整鏈質量與加合離子 m/z。
  4. 需要碎片就勾選系列,核對互補碎片是否加和回母鏈。

常見問題

DNA 和 RNA 的差別體現在哪?
RNA 的糖環多一個氧(U 代替 T、核糖代替脫氧核糖),每個核苷酸殘基的質量隨之不同;工具按你選的類型使用對應的單磷酸單體質量,端基團另計。
5′ 端磷酸和羥基差多少?
正好差一個 HPO3(約 79.9663 Da)。合成寡核苷酸通常 5′ 羥基、3′ 羥基,酶切或天然鏈常帶 5′ 磷酸,按實際結構選就不會差這一項。
輸入的內容會上傳嗎?
不會。頁面沒有後端:算法、NIST 同位素數據與各詞典都隨頁面一起下載,全部計算在瀏覽器本地完成。
數據準嗎?
同位素質量與豐度取自 NIST 快照(94 種元素、298 個同位素),同位素分布是精確的多項式卷積,與主流模擬器在小數點後幾位一致。
免費嗎?要註冊嗎?
免費、無使用次數限制,也不用註冊或登錄。
能把計算發給別人嗎?
可以。點「複製連結」,輸入狀態會編進網址哈希,對方打開就是你看到的這套結果。

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