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肽段質量、氨基酸組成、酶切與碎片表

序列或氨基酸組成 · a/b/c 與 x/y/z 碎片 · 酶切產物 · 平均 m/z

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肽段質量、氨基酸組成、酶切與碎片表

序列支持單字母(PEPTIDE)、三字母(ALA-GLY-…)、修飾寫法(P(Phos)、[Cit+71.984])與末端(-NH2)。碎片表按 a/b/c、x/y/z 系列與互補自洽關係給出,每行同時列單同位素 m/z 與平均 m/z。輸入方式切到「氨基酸組成」時只填各殘基個數(如 A3R2K1),算整肽分子式、質量與加合離子的平均 m/z;組成沒有順序,所以不出碎片與酶切表。

序列支持單字母(PEPTIDE)、三字母(ALA-GLY-…)、修飾寫法(P(Phos)、[Cit+71.984])與末端(-NH2)。碎片表按 a/b/c、x/y/z 系列與互補自洽關係給出,每行同時列單同位素 m/z 與平均 m/z。輸入方式切到「氨基酸組成」時只填各殘基個數(如 A3R2K1),算整肽分子式、質量與加合離子的平均 m/z;組成沒有順序,所以不出碎片與酶切表。

全部計算都在你的瀏覽器本地完成,輸入的任何內容都不會上傳。

打開這個計算器

肽段分區收兩種輸入:完整序列(單字母 PEPTIDEKRAQ、三字母 ALA-GLY-…、帶修飾的 P(Phos) 或 [Cit+71.984])和只有組成的寫法(A3R2K1)。兩種都會給出整肽分子式、單同位素與平均質量,以及各加合離子的 m/z——平均 m/z 尤其適合對照低分辨或寬包絡儀器上的觀測值。

序列輸入還會展開碎片表:a/b/c 與 x/y/z 系列、次級離子(b-H2O、y-NH3 等)與多價電荷,每行同時列單同位素 m/z 與平均 m/z,互補碎片相加等於母體;並按酶(胰蛋白酶、Lys-C、Glu-C、Asp-N 等)給出酶切產物列表,可設漏切數與長度範圍。組成輸入沒有順序,所以只算整肽,不出碎片與酶切表。

怎麼用

  1. 選輸入方式:序列,或氨基酸組成。
  2. 序列寫法直接敲 PEPTIDEKRAQ;修飾寫在殘基後的括號里,如 P(Phos)、M(Ox)。
  3. 組成寫法在「氨基酸組成」里填各殘基個數,並選 N 端 / C 端基團。
  4. 勾選需要的碎片系列與電荷,表格可整段複製;酶切列表按酶與漏切數生成。

常見問題

三字母序列和帶修飾的寫法怎麼輸入?
三字母用連字符連接,如 ALA-GLY-SER;修飾緊跟在殘基後面寫成括號,例如 P(Phos) 表示磷酸化;也可以直接寫質量增量,如 [Cit+71.984],或用 -18 表示脫水。
為什麼氨基酸組成沒有碎片表?
組成不含順序信息:同一個組成可以對應許多不同序列,斷裂位置無法確定。所以組成輸入只給整肽質量與加合離子 m/z,要碎片表請改用序列輸入。
平均 m/z 什麼時候更可信?
低分辨儀器或同位素包絡很寬的肽(含多個 Br/Cl、碳數很多)上,觀測峰位更接近平均質量換算的 m/z;對照平均 m/z 判斷往往比只用單同位素質量穩。
輸入的內容會上傳嗎?
不會。頁面沒有後端:算法、NIST 同位素數據與各詞典都隨頁面一起下載,全部計算在瀏覽器本地完成。
數據準嗎?
同位素質量與豐度取自 NIST 快照(94 種元素、298 個同位素),同位素分布是精確的多項式卷積,與主流模擬器在小數點後幾位一致。
免費嗎?要註冊嗎?
免費、無使用次數限制,也不用註冊或登錄。
能把計算發給別人嗎?
可以。點「複製連結」,輸入狀態會編進網址哈希,對方打開就是你看到的這套結果。

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