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數據分析

數據分析板塊覆蓋從「取數據」到「出結論」的整條鏈路,分生信分析、數據與計算、科研工具、生物學數據庫、化學數據庫與計算工具六組。生物學數據庫一組從蛋白到通路成體系:序列與功能註釋查 UniProt 和 Gene Ontology,三維結構查 RCSB PDB,蛋白表達定位看人類蛋白質圖譜,通路分析用 KEGG 與 Reactome,基因列表批量富集交給 Metascape,質譜原始數據的提交與檢索走 ProteomeXchange 與 PRIDE,EMBL-EBI 是這些資源的總站門戶。生信分析一組是分析動作本身:NCBI 與 BLAST 處理序列,Ensembl 與 UCSC Genome Browser 看基因組,STRING、GEPIA、GeneCards 查互作與表達,DAVID 與 Enrichr 做富集,cBioPortal 做癌症組學看板,方法與腳本問題去 Biostars 搜索,多數已有現成答案。數據與計算一組覆蓋通用計算與公共數據集:Wolfram Alpha 與 GeoGebra 處理公式與圖形,Kaggle、Google 數據集、Data Commons、Our World in Data 與國家統計局提供數據源,ScienceDB 可爲中文科學數據申請 DOI。科研工具一組處理文獻本身:Zotero 管參考文獻,Overleaf 寫公式,Elicit、Consensus、Connected Papers、Research Rabbit 做文獻綜述與關聯圖譜。化學數據庫以 PubChem 查結構與理化性質。計算工具一組是實驗台邊最常打開的小工具:疏水值、肽段質量、碎片離子、凝膠配制各司其職,醫學公式另配 MDCalc。檢索數據庫建議先用編號(accession / PDB ID)直查,比關鍵詞更準也更省事。